2006年2月，中国科学院、深圳市人民政府及香港中文大学友好协商，在深圳市共同建立中国科学院深圳先进技术研究院，实行理事会管理，探索体制机制创新。它是根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要、结合中国科学院科技布局的调整要求、围绕深圳市实施创新型城市的战略建立的。
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